대종교의 '대종(大倧)'은 천신(天神, 하느님)이란 뜻이다. ‘대(大)’는 ‘천(天)’에 속하며 우리말로 ‘한’이다. ‘종(倧)’은 신인 종자(字)로 순우리말로 ‘검' 또는 ‘얼’로 표현할 수 있다. 한얼님이 사람으로 변화해서 백두산 신단수 아래에 내려오신 분이 바로 신인(神人)이다. 한얼님이 지상에 내려오심은 세상을 크게 널리 구제(弘益人間 理化世界)하기 위한 것이다. ‘대종(大倧)’에는 이러한 진종대도(眞倧大道, 한얼 이치의 진리)라는 뜻이 담겨 있다. 대종교의 구현목표는 진종대도 곧 ‘홍익인간(弘益人間) 이화세계(理化世界)'이며, 그 교리는 민족의 정통사상과 철학을 담았다. '홍익인간'은 모든 종교를 포용할 수 있는 조화의 원리를 바탕으로 범세계적 종교성을 띄는 이념이라 할 수 있다.

《삼국유사》에는 환웅께서 이 세상을 홍익인간하시기 위해 천부삼인(天符三印)을 가지고 삼선사령(三仙四靈)을 거느리고 백두천산 신단수(神檀樹) 아래 강림하였다고 적고 있다. 그리고 곡식·명령·질병·형벌 그리고 선악의 3백60여가지 일을 주재하며 이화세계(理化世界)하였다고 기록하고 있다. 이는 교정일치(敎政一致)의 정사(政事)와 교화(敎化)의 대 역사이며 특히 다섯 가지 일(五事)중에 선악을 주관해 종교적 교화의 바탕을 이루었다. 삼선사령이란 토지를 맡은 팽우(彭虞)와 글을 맡은 신지(神誌)와 농사를 맡은 고시(高矢) 등 세 선관과 풍백(風伯)·우사(雨師)·뇌공(雷公)·운사(雲師)등 네 신령을 말한다.
따라서 대종교의 역사는 한웅천왕(桓雄天王)이 사람으로 변화하여(以神化人) 백두산에 내려오신 것으로부터 시작된다. 때는 상원갑자(上元甲子, BC2457)년 10월 3일이다. 신인(神人)이 우매한 백성들을 교화하자 삼천단부(三千團部) 백성들이 모두 모여 신인을 임금으로 추대하니 광대한 통일대국이 이뤄졌다. 이 때가 상원갑자년에서 두돌갑자 지난 무진년(再周甲子 戊辰年, BC2333) 10월 3일, 바로 단군원년이다.

신라 때 고운(孤雲) 최치원(崔致遠)은 ‘난랑비서문[鸞郞碑序]'에서 고유 종교인 신교(神敎)를 이처럼 조화와 융합의 원리를 지닌 종교로 기록했다. 풍류도는 고래(古來)로 우리 민족의 고유 신앙을 바탕으로 도맥(道脈)을 모두 간직한 것이다. 그것은 유·불·선 삼교가 통합해 이뤄진 것이 아니라, 오히려 삼교 이전부터 그 기본 교리를 포괄했다.

대종교의 교맥(敎脈)은 단군조선 시대에 신교(神敎), 부여에서 대천교(代天敎), 고구려에서 경천교(敬天敎), 신라에서 숭천교(崇天敎), 백제에서 수두(蘇塗), 발해에서 진종교(眞倧敎)로 이어졌다. 또 고려 때는 왕검교(王儉敎), 만주에서는 주신교(主神敎), 다른 곳에서는 신교(神敎) 또는 천신교라고도 하였다. 역대로 교명(敎名)을 달리하면서도 그 교맥은 하나로 계승되다 근세에 와서 대종교(大倧敎)로 중광(重光·부활)한 것이다. 그러나 그 와중에 암흑기도 거쳤다. 고려 중엽 원종 때 몽골의 침입으로 교문이 닫힌 것이다. 그 뒤로 줄곧 외세에 몰려 주체성을 살리지 못했지만 그 의식(儀式)은 700년 동안 민속화한 형태로나마 잔영을 유지했다. 이후 일제 강점기 일제에 의한 민족정신의 말살에 대항하기 위한 운동으로 다시 민족의 구심적으로 국조 단군이 요청되어졌다. 이런 움직임은 교조(敎祖) 나철(羅喆:1863∼1916)에 의해서 구체화 되어 진다. 나철은 일본의 한국에 대한 간섭과 강박이 날로 심해지자 이를 항의하고자 3차에 걸쳐 일본에 건너갔다. 하지만 뜻을 이루지 못하고 귀국하여 구국운동이 몇 사람의 애국정객만으로는 이룩될 수 없음을 절실히 느끼게 되었다. 여기에서 그는 국가의 기틀을 튼튼히 하고 민족을 부흥시키는 원동력은 민족의식을 일깨우는 데 있다고 생각했다. 그래서 1909년에 동지 오기호(吳基鎬) 등 10명과 함께 서울특별시 종로구 재동(齋洞)에서 ‘단군대황조신위(檀君大皇祖神位)’를 모시고 <단군교포명서(檀君敎佈明書)>를 공포함으로써 고려시대 몽골의 침략 이후 700년간 단절되었던 국조 단군을 숭앙하는 단군교를 창시하였다.